胶水语言(python)的强大:从MultinetX 到 Muxviz绘图

hxy    2019-11-26 16:15

    最近写了一个转换工具,将一般常见的多层网络数据集进行简单的可视化,并转化为Muxviz实用的格式。代码如下:
 
# -*- coding: utf-8 -*-
'''
@Descripttion: 数据转换工具:从multinetx转化为 muxviz 的格式
@Version: 1.0
@Author: neuhxy
@Date: 2019-11-25 21:05:39
@LastEditors: neuhxy
@LastEditTime: 2019-11-26 16:08:26
'''
import multinetx as mx

name = 'mirna_multiedgelist'
ext = 'list'
filepath = './data/%s.%s'%(name, ext)
M = mx.read_multilayer_edges(filepath)
mx.convert_M_to_R(M, name=name)

    这段代码就是从文本文件导入数据到 multinetx 对象,然后利用 comvert_M_to_R() 方法生成合适的数据集,然后需要将生成的文件夹拷贝到muxviz的data文件夹里,然后就可以画图了。看几个效果吧:









注:每组图上面对应Python绘图效果,下面对应Muxviz绘图效果。
Last Modified: 2019-11-27 10:37
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